Hệ thống đánh số tuyến đường quy định như sau:

• Đường tham chiếu và đường trung gian gọi là đường loại A (cấp I) có số từ 1-129
  • Đường được đánh số lẻ nếu có hướng đi là Bắc-Nam, bắt đầu đánh từ E1 từ phía Tây sang (Đường E1 từ Larne, Bắc Ireland đến Sevilla, Tây Ban Nha).
  • Đường được đánh số chắn nếu có hướng đi là Tây-Đông, bắt đầu đánh từ phía Bắc. Tuy nhiên, nó cũng có một số trường hợp ngoại lệ.
• Đường nhánh, đường liên kết, đường kết nối được gọi là Đường giao thông lớp B (cấp II) có ba chữ số trên 130.
• Đường tham chiếu được đánh số từ 5-95, kết thúc với số 0 hoặc 5 (ví dụ: Tuyến đường châu Âu E10, E15, E25, E75, E85..) hoặc có số lẻ từ 101-129. Các tuyến đường này thường chạy dài khắp châu Âu, kéo dài tới cả ngàn km.
  • Đường chạy theo hướng Bắc-Nam được đánh số từ 5-95 nhưng có đuôi kết thúc là 5 (Ví dụ như E05, E15, E25,... E95) hoặc lẻ từ 101-129, và tăng từ Tây sang Đông.
  • Đường chạy theo hướng Tây-Đông có đuôi là 0 tăng dần từ Bắc xuống Nam.
• Đường trung gian được đánh số từ 1-99 và không phải là đường tham chiếu. Những đường này ngắn hơn đáng kể so với đường tham chiếu. Chúng được đánh số lẻ nếu theo hướng Bắc-Nam (trừ trường hợp đường E6), số chẵn nếu là Tây-Đông, hoặc là số giữa của những đường tham chiếu.
• Đường lớp B có ba chữ số, trong đó chữ số đầu tiên được là số của con đường tham chiếu gần nhất về phía bắc, chữ số thứ hai là của con đường tham chiếu gần nhất về phía tây, và chữ số thứ ba là một số sê-ri.
• Đường giao thông loại A nằm về phía Đông của đường châu Âu E99 là số lẻ có ba chữ số được quy định khác so với đường loại A ở trên được áp dụng cho các tuyến đường này.
• Đường loại B nằm về phía Đông của đường E101 là số có ba chữ số bắt đầu bằng số 0, từ 001-099.

Trường hợp ngoại lệ

Hai đường loại A cụ thể là E47 và E55 đã được phép giữ lại số đã được đánh từ năm 1992, tương ứng với đường E6 và E4 ở Thụy Điển và Na Uy.

Trường hợp ngoại lệ hơn nữa là Tuyến đường châu Âu E67, đi từ Estonia tới Ba Lan (ở phía trái của E75 và E77), hoàn thành xây dựng vào năm 2000, đơn giản nó được đánh là E67 chỉ vì đó là số tốt nhất có sẵn cho tuyến đường mới này, hay tuyến đường E63 ở Phần Lan (ở phía trái của E75), E8 ở Phần Lan (một phần ở phía bên trái của E12 sau khi được kéo dài vào năm 2002) và E82 (Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha, ở phía trái của E80). Những trường hợp ngoại lệ này vẫn được tồn tại để duy trì trật tự của mạng lưới giao thông, và UNECE không muốn thay đổi số lượng đường không cần thiết.

Vì Cộng hòa Nhân dân Xã hội chủ nghĩa Albania từ chối tham gia các điều ước quốc tế như AGR [2] nên hệ thống tuyến đường ở quốc gia này cũng bị loại trừ ra, như là đường E65 và E90 đã làm đường vòng để đi qua. Trong những năm 1990, khi Albania mở cửa đối với phần còn lại của châu Âu, nhưng với việc nước này phê chuẩn AGR tháng 8 năm 2006, nên việc hội nhập vào Mạng lưới Đường bộ châu Âu vẫn còn chậm.